שבעה עשר יום לאחר סיום מלחמת ששת הימים בשנת 1967, ישראל שרטטה מחדש את גבולותיה של ירושלים על ידי סיפוח של כ-70 קמ"ר לשטחה של העיר. הרכב הוועדה שקבעה את הגבולות העירוניים של ירושלים, אשר כללה אנשי צבא ופוליטיקאים, השתקף בשיקולים שהתוו את הגבולות החדשים:

• שליטה על הרכסים המקיפים את ירושלים המערבית, מהם הופגזה העיר קשות במהלך המלחמה
• הכללת מקסימום שטח עם מינימום תושבים פלסטינים
• הכללת שדה התעופה עטרות, בשאיפה להחזיק בנמל תעופה בינלאומי בבירת ישראל (יש לציין כי נמל התעופה עטרות לא שימש מעולם כנמל בינלאומי, ומאז האינתיפאדה השנייה לא משמש כשדה תעופה כלל).

מעשה הסיפוח הגדיל באופן ניכר את שטחה המוניציפאלי של ירושלים, אשר עד 1967 כלל פחות מארבעים קמ"ר, והפך את ירושלים לעיר הגדולה בישראל. בנוסף על ירושלים הירדנית, אשר התקיימה לצד ירושלים הישראלית במשך 19 שנה וכללה את העיר העתיקה ועוד כששה קמ"ר מסביב לה, סופחו לירושלים עוד 28 כפרים פלסטינים שהיו חלק מהפריפריה של העיר. בשטח המסופח התגוררו ב-1967 כשבעים אלף פלסטינים, שמצאו עצמם תחת השלטון הישראלי. מדינת ישראל העמידה בפני תושבים אלה את האפשרות לקבל אזרחות ישראלית, אך הצעה זו נדחתה באופן קולקטיבי בשל הטענה כי קבלת אזרחות ישראלית יהיה בה משום מתן לגיטימציה למעשה הסיפוח ומחיקת זהותם הפלסטינית של התושבים. לאור כך, קיבלו תושבי ירושלים המזרחית מעמד של תושבי קבע במדינת ישראל (לקריאה על מעמדם המיוחד של התושבים הפלסטינים- לחץ כאן)

בעוד שמספרם של נושאי התעודות הכחולות עמד ב-1967, לאחר הסיפוח, על 70,000 איש, הרי שבתחילת שנת 2010 נאמד מספרם של פלסטינים ירושלמים אלה בכ-300,000. בעוד שב-1967 הם מנו כ-25% מכלל אוכלוסייתה של ירושלים 'המאוחדת', הרי עתה הם מונים למעלה מ-35%, והתחזיות המקובלות הן שבקצב הנוכחי של גידול, יגיע שיעורם בכלל אוכלוסיית בירת ישראל בשנת 2020 ל-40%.

למרות שהתושבים הפלסטינים זכאים לבחור לעיריית ירושלים, הם מחרימים את הבחירות הללו, מאותם טעמים אידיאולוגיים שבגללם סירבו לקבל אזרחות ישראלית (מתן לגיטימציה למעשה הסיפוח ומחיקת זהותם הפלסטינית). משמעות הדבר היא שאין בעיריית ירושלים אף נבחר ציבור שתפקידו לדאוג לציבור הפלסטיני, והדבר מתבטא ישירות בחלוקת תקציבי העירייה: תושבי העיר הפלסטינים, המהווים למעלה משליש מאוכלוסיית העיר, מקבלים בין שמונה לעשרה אחוז בלבד מהתקציב העירוני.  

במהלך השנים מאז הסיפוח ועד היום, מדינת ישראל ביקשה "למחוק" תודעתית את הקו הירוק בירושלים, ועשתה זאת בעיקר על ידי קידום תוכניות בנייה מסיביות של שכונות ישראליות גדולות בירושלים המזרחית. כיום, מתגוררים בשכונות אלה כ-200,000 ישראלים. ביחד עם התושבים הפלסטינים, מרבית תושביה של העיר מתגוררים בצדה המזרחי, מעבר לקו הירוק.   

מבחינת החוק הישראלי, אקט הסיפוח שינה את מעמדו של השטח באופן מהותי והפך אותו – להלכה ולמעשה –  לחלק אינטגראלי משטחי מדינת ישראל הריבונית, לרבות החלת כל חוקי המדינה על האזור המסופח (וזאת בניגוד ליתר שטחי הגדה המערבית, אשר ממשיכים להיחשב לשטחים 'מוחזקים' מצד ישראל). ואולם החוק הבינלאומי אינו מכיר בחוקיות הסיפוח וממשיך לראות בירושלים המזרחית אזור כבוש אשר עתידו המדיני צריך להיות מוכרע סביב שולחן המשא-ומתן.